Система лотков - это дополнительная система уравнивания потенциалов или дополнительный РЕ-проводник?
Какое сечение заземляющего проводника должно быть:
1. От ГЗШ к началу системы лотков
2. Между частями системы лотков

Из ПУЭ:
1.7.121. Металлические короба и лотки электропроводок можно использовать в качестве
защитных проводников при условии, что конструкцией коробов и лотков предусмотрено
такое использование, о чем имеется указание в документации изготовителя, а их
расположение исключает возможность механического повреждения;
1.7.117. Заземляющий проводник, присоединяющий заземлитель рабочего
(функционального) заземления к главной заземляющей шине в электроустановках
напряжением до 1 кВ, должен иметь сечение не менее: медный - 10 мм2, алюминиевый - 16
мм2, стальной - 75 мм2.
1.7.82.Для соединения с основной системой уравнивания потенциалов все указанные части
должны быть присоединены к главной заземляющей шине (см. 1.7.119-1.7.120) при помощи
проводников системы уравнивания потенциалов.
1.7.127. Во всех случаях сечение медных защитных проводников, не входящих в состав
кабеля или проложенных не в общей оболочке (трубе, коробе, на одном лотке) с фазными
проводниками, должно быть не менее:
2,5 мм2 - при наличии механической защиты;
4 мм2 - при отсутствии механической защиты.
Сечение отдельно проложенных защитных алюминиевых проводников должно быть не
менее 16 мм2.
1.7.137. Сечение проводников основной системы уравнивания потенциалов должно быть
не менее половины наибольшего сечения защитного проводника электроустановки, если
сечение проводника уравнивания потенциалов при этом не превышает 25 мм2 по меди или
равноценное ему из других материалов. Применение проводников большего сечения, как
правило, не требуется. Сечение проводников основной системы уравнивания потенциалов в
любом случае должно быть не менее: медных - 6 мм2, алюминиевых - 16 мм2, стальных - 50
мм2.
1.7.138. Сечение проводников дополнительной системы уравнивания потенциалов должно
быть не менее:
при соединении двух открытых проводящих частей - сечения меньшего из защитных
проводников, подключенных к этим частям;
при соединении открытой проводящей части и сторонней проводящей части - половины
сечения защитного проводника, подключенного к открытой проводящей части.
Сечения проводников дополнительного уравнивания потенциалов, не входящих в состав
кабеля, должны соответствовать требованиям 1.7.127.
Есть ещё ТИПОВАЯ ТЕХНОЛОГИЧЕСКАЯ КАРТА "ПРОКЛАДКА МАГИСТРАЛЬНЫХ СЕТЕЙ НА ЛОТКАХ" (видимо как доп. инструкция):
Соединенные в магистраль лотки заземляют не менее чем в двух удаленных друг от друга местах с противоположных сторон линии и дополнительно в конце ответвления.

Вроде бы всё написано понятно, но в то же время где истина.

В качестве защитных проводников
Присоединение лотка к системе уравнивания потенциалов (главной заземляющей шине ВРУ) осуществляется проводником, закрепленным с помощью стандартных метизов или сваркой (ГОСТ 10434-82). Сечение этого проводника определяется исходя из токов короткого замыкания фазных проводников на лоток по методике, изложенной в п. 1.7.126 ПУЭ, т. к. в случае замыкания фазного проводника на лоток (короб) ток замыкания будет протекать не только по защитному проводнику, а также по лотку (коробу).
Немного схоже с заземлением брони, оболочки кабеля
Сечение жилы кабеля, мм2 До 10 16-35 50—120 150—240
Сечение проводника заземления, мм2 6 10 16 25
2.3.71. Кабели с металлическими оболочками или броней, а также кабельные конструкции, на которых прокладываются кабели, должны быть заземлены или занулены в соответствии с требованиями, приведенными в гл. 1.7
по дополнительной системе уравнивания потенциалов токи КЗ не текут.

Прежде всего, это кабеленесущая система.
1. К началу и концу системы лотков по п. 1.7.126 и табл. 1.7.5
2. точного ответа не подскажу, сорри... но в проектных решениях встречаю в разрывах лотков по два проводника по 6 мм2 при проводниках ОСУП 25мм2 .

В металлической трубе проложены несколько кабелей ВВГ 3х2,5, линии освещения ,длина трубы около 15 метров; как заземлить трубу ,с одного конца или с двух и проводом какого сечения и куда тащить эти заземляющие провода? т.к если до ШРН, ВРУ, далеко

Если труба неразборная, то можно заземлять её в одном месте. Причём не важно где (вначале, вконце, или посередине).
Соединения выполнить медным проводом, сечением равным максимальному сечению из проложенных в трубе кабелей, или стальной проволокой с эквивалентным сечением по проводимости.
Заземлить можно на РЕ шину щита, откуда питаются проложенные в ней КЛ. Если в здании есть заземлённые, или присоединённые к ГЗШ металлические конструкции, то можно присоединяться к ним.