У нас есть трансформатор 110-10кВ. Высокая сторона работает в режиме с изолированной нейтралью, но есть заземляющий нож нейтрали.
Когда происходят переключения нейтраль трансформатора заземляют. Вопрос, для чего это делается? Неужели только для того чтобы не было скачков напряжения?

Да, действительно для этого. Точнее - для защиты от перенапряжения в нейтрали. Особенно это актуально при наличии на ПС выключателя с пофазным приводом типа ВМТ-110 (или при отсутствии какого-либо выключателя, а наличии отделителя.) При возникновении несимметричного режима (одна фаза не отключилась/не включилась), или большой разновременности включения/отключения фаз напряжение нейтрали трансформатора относительно других фаз может возрасти до величины линейного, на которое не расчитана изоляция этой самой нейтрали.
Вообще-то в этом ЗОНе должна стоять автоматика включения КЗ нейтрали, но она, я так понимаю, у Вас (как и у нас) давно уже не работает - увы...