В собственной КТППН 6/0,4 необходимо заменить трансформатор с использованием крана манипулятора. Какими документами оформляется работа и каков порядок допуска персонала?

т.е. кран не ваш, а остальной пероснал Ваш? то:
1. вы пишете наряд-допуск на замену
2. т.к. крановщик не у Вас в штате - владелец крана выписывает свой наряд на производство работ, который Вы согласовываете п. 9.5.17 ПБ 10-382-00
3. по идее крановщик должен быть включен в Ваш наряд в соответствии с гл. 12 ПОТРМ
могу ошибаться мало информации от Вас

Для производимой работы кран нам предоставляется по договору с транспортным предприятием. Персонал обслуживающий КТППН наш, а воздушную линию 6 кВ обслуживает персонал сетевой организации. Ответственный за безопасное производство работ назначается из числа нашего персонала.
Вопрос в том, что как правильно оформить работу с сетевой организацией так как мы работаем в охранной зоне ВЛ с использованием крана? В ПОТ РМ есть раздел про командированный персонал и СМО, здесь же взаимодействие двух владельцев электроустановок.

сложнее, но думаю тогда наряд (не ваш) должна согласовать и СО 6 кВ.

А разве ВЛ не обесточивается?
Если действительно работы в этой зоне, по-моему, необходим ППР с 3-х сторонним согласованием, наряды с учетом границ ответственности СО и Вас.