ПУЭ противоречит СНИПу , кому из них отдать предпочтение?

Да ладно, что именно? Может вы "читаете" не правильно?

вы конкретно приведите

Обычно в СНиПе как раз ссылки на ПУЭ и идут. Где-то вы путанулись.

никак нет:

ПУЭ :

7.4.39. В пожароопасных зонах любого класса разрешаются все виды прокладок кабелей и проводов. Расстояние от
кабелей и изолированных проводов, прокладываемых открыто непосредственно по конструкциям, на изоляторах,
лотках, тросах и т.п. до мест открыто хранимых (размещаемых) горючих веществ, должно быть не менее 1 м.
Прокладка незащищенных изолированных проводов с алюминиевыми жилами в пожароопасных
зонах любого класса должна производиться в трубах и коробах.

СНИП 21-02-99 :

6.3 Инженерные системы автостоянок, встроенных в здания другого назначения или пристроенных к ним, должны быть, как правило, автономными от инженерных систем этих зданий.
В случае транзитной прокладки через помещения автостоянок инженерных коммуникаций, принадлежащих зданию, в которое встроена (пристроена) автостоянка, указанные коммуникации (кроме водопровода, канализации, теплоснабжения, выполненных из металлических труб) должны быть изолированы строительными конструкциями с пределом огнестойкости не менее EI 45.

n00b, НУ? что сказать то хотели? Вас че, пытать надо - чтоб свою же мысль выложили?

Противоречий пока не вижу
Посмотрите в ПУЭ еще пункт о транзитной прокладке.