Добрый день!
Однажды перехлестнуло между трансформатором и помещением во время ветра провода(трехфазное питание).
Погорело оборудование(разорвало электролитические конденсаторы в блоках питания ПК, которые рассчитаны на 400V). Сетевые фильтры были в выключенном состоянии(цепь разомкнута).

Все заканчивается на входе оборудования разрывами неполярных конденсаторов(если есть), в противном случае блок питания под выброс.

Было установлено защитное оборудование на вводе в здание:
РНПП-311М
iK60N C16А (3 шт.)
IEK КМ 25-40

Недавно все повторилось, выгорели некоторые блоки питания и стартер электронный на лампах дневного света.

Как можно избавиться проблемы? Почему по одному проводу может убить частично технику.

перетянуть провода или повесить СИП

Установить ОПН на вводе.

1. Следует выяснить причину, по которой не отработали защиты (может у Вас РНПП-311М неисправно, или его настройки выбраны неверно).
2. "Почему по одному проводу может убить частично технику." - вот здесь Ваш ход мысли мне совсем не понятен...

Если провода качает ветром, то это не значит, что они ка-а-ак замкнулись между собой и - намертво. Может произойти несколько касаний, на некоторые из которых то же РНПП отработать не успеет. Один из таких импульсов (или их серия) и привел к повреждениям оборудования. Никакая электроника 380В не любит.
На подстанции есть наверняка защита, вопрос - почему не отработала? Это ее непосредственная задача. Если там автоматический выключатель стоит, задайте ему вопросы о его исправности при помощи специально приглашенных для этой цели работников электролаборатоии. Если предохранители - соответствуют ли их вставки токам, рассчитанным проектом? Может, вместо них уже гвозди вставлены?
Но правильный ответ на вопрос "что делать?" Вам уже дали:

Спасибо за разъяснение.
Сформировалось решение проблемы: УЗИП на вводе и замена проводов на СИП, дополнительно проверка ТП.

Может проще ввод в здание сделать кабелем.

Если по воздуху, то СИПом проще. А так: копать же надо. А не везде это возможно.