Подскажите, пожалуйста, как расчитать затраты по охране окружающей среды по статье "Охраняемые территории, флора и фауна"
У меня линия будет строиться по заповеднику, в просеке!

Представляете проект администрации заповедника, они вам рисуют смету на восстановительную стоимость.

Вообще-то, по-моему, проект идет уже со сметой, составленной по ТЗ природоохранников.

Природоохранники, в соответствии с проектом, составляют акт и сметы на работы по востановлению зеленых насаждений или выписывают штраф за порчу зеленых насаждений, которые включаются в проект.
Можно самостоятельно включить работы по сносу - посадке кустарников, составить смету и согласовать сие у природоохранников.
В данном случае, скорей всего, нужно будет с проектом и зеленщиками пройтись по трассе, они посчитают сносимые кустарники и выпишут штраф за варварское отношение к природе.

Если проект согласован по инстанциям, просека является отчужденной у природоохранников территорией.
Что-то восстанавливать необходимости в этом случае вроде бы нет (просека все равно нужна), кроме испорченного попутно в местах передвижения тяжелой техники и складирования материалов и оборудования насаждений, гнезд и нор животных.